由于深水井已经使用了很长时间，因此井壁上会出现锈蚀和藻类，这对水质和供水不足无效。根据实际情况，可以采用物理方法和气压脉冲技术清洗深水井，主要是利用气水结合在井下管中产生高压快速冲击力。因此，沉积在管道底部和壁上的沉淀物锈逐渐被冲洗掉并排放到深水井的外部。但是随着科技的发展，有了潜水泵的深水井，可以汲取到更深的地下水和保护水质，还能够和社区供水系统相连，成为现代人们一地下水位主要水源的自来水供水系统。但是长期使用税使供水设备磨损和损坏，导致管网和用户管道堵塞，；另外长期抽水会导致井内沉淀和水量的减少等等。
